Akademijoje veikia
VDU Miškų ir ekologijos fakultetas, savo ištakas skaičiuojantis nuo dar anksčiau. Aukštojo miško mokslo pradžia Lietuvoje laikoma 1922 m. vasario 16 d., kai atidarytame Lietuvos universitete Matematikos-gamtos fakultete buvo įsteigtas Agronomijos skyrius ir Girininkystės katedra. Tais pat metais šis skyrius pavadintas Agronomijos-miškininkystės skyriumi. Po dvejų metų miško mokslų studijos perkeltos į Dotnuvą. 1924 m. spalio 15 d. darbą pradėjusioje Žemės ūkio akademijoje šalia Agronomijos iki 1928 m. pabaigos veikė Miškininkystės skyrius. 1938 m. Miškininkystės skyrius buvo atkurtas, o 1940 m. perkeltas į Vilnių. 1941 metais skyrius įjungtas į Vilniaus universiteto Matematikos-gamtos fakultetą, o 1942 m. pertvarkytas į Miškų mokslų fakultetą (vėliau pavadintą Miškų ūkio fakultetu). 1949 m. Miškų ūkio fakultetas grąžintas į Lietuvos žemės ūkio akademiją (paskui pervadintą į Lietuvos žemės ūkio universitetą, vėliau reorganizavus- į
VDU Žemės ūkio akademija), kur veikia iki šiol (nuo 1994 m. – Miškų fakultetas, o 2008 m.gegužės 23 d. - Miškų ir ekologijos fakultetas).