Dėl šiuo metu veikiančios aplinkos apsaugos valstybinės kontrolės organizavimo sistemos griežtai yra pasisakę EBPO ekspertai. Pasak jų, mūsų šalyje neužtikrinamas vieningas aplinkos apsaugos valstybinės kontrolės planavimas, vykdymas bei nėra tinkamos rezultatų vertinimo sistemos.
Atskiruose regionuose skiriasi aplinkos apsaugos valstybinės kontrolės krūvis ūkinei veiklai, o ūkio subjektų konsultavimo sistema nėra efektyvi ir tolygi. Šiuo metu 8 regionų aplinkos apsaugos departamentai bendrąsias funkcijas, pavyzdžiui, finansų apskaitą, dokumentų tvarkymą, personalo ir ūkio valdymą, vykdo atskirai. Todėl valstybės biudžeto lėšos naudojamos neefektyviai.